A pesar de los daños que ha sufrido, el río Mapocho aún alberga una sorprendente biodiversidad. Su ecosistema varía según la altitud y el tramo geográfico, lo que permite la presencia de distintos tipos de vegetación, como arbustos, matorrales y especies nativas que se desarrollan en las riberas del río.  

Entre las especies animales más comunes se encuentran diversas aves como los triles, tiuques, queltehues y loicas, que cumplen un rol ecológico fundamental en el control de insectos y en el equilibrio del ecosistema. Además, existen pequeños mamíferos e insectos asociados al entorno fluvial que también forman parte de esta red de vida. Preservar esta biodiversidad es crucial para mantener la salud del ecosistema y proteger el patrimonio natural de la región.