Actualmente, el río Mapocho enfrenta diversas amenazas ambientales que han afectado gravemente su salud ecológica. Entre los principales problemas destacan la contaminación por aguas residuales sin tratar, el vertido de basura urbana, la presencia de residuos farmacéuticos y la baja concentración de oxígeno disuelto en el agua. Estas situaciones son producto de malas prácticas humanas como el mal manejo de residuos, la falta de tratamiento adecuado de las aguas servidas y la expansión urbana no planificada. Las consecuencias se reflejan en la pérdida de biodiversidad, la transmisión de enfermedades a través del agua contaminada, los malos olores y la degradación del entorno natural. Esta problemática no solo afecta a las especies del ecosistema, sino también a las comunidades humanas que interactúan directa o indirectamente con el río.